Przepis ten został zaskarżony do Trybunału Konstytucyjnego, który wyrokiem z 20 listopada 2019 r. (w sprawie o sygn. sygn. K 4/17) stwierdził, że jest on częściowo niezgodny z konstytucją. Ustalono, że sam fakt, że dany samorząd jest organem założycielskim samodzielnego publicznego zakładu opieki zdrowotnej nie oznacza, że zapewnienie mieszkańcom dostępu do opieki medycznej staje się jego zadaniem własnym. Obowiązek finansowania świadczeń zdrowotnych ze środków publicznych spoczywa na władzach centralnych. Dodatkowo system ochrony zdrowia jest uregulowany przepisami, które również uchwalane są na poziomie centralnym. Jeśli ich wdrażanie wymaga zwiększenia nakładów finansowych, władze centralne powinny je zapewnić. Samorządy nie otrzymują środków publicznych na ten cel.
Trybunał odniósł się również do zapisów stawiających samorządy przed wyborem: albo pokrycie długów, albo likwidacja placówki. Stwierdzono, że przesłanka o charakterze ekonomicznym nie jest adekwatną podstawą do podjęcia decyzji o likwidacji danej placówki leczniczej (a art. 59 w zaskarżonej wersji bazował na takim podejściu).
Zgodnie z decyzją TK zaskarżony przepis miał stracić moc po upływie osiemnastu miesięcy od publikacji wyroku (data ta przypadła na 28 maja 2021 r.). W międzyczasie przygotowano jego nowelizację (znalazła się w ustawie z dnia 11 sierpnia 2021 r. o zmianie ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych oraz niektórych innych ustaw). Nowa wersja różni się od starej m.in. tym, że samorządy, zamiast obowiązku pokrywania strat placówek medycznych, mają taką możliwość.
To jednak nie jedyny efekt wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 20 listopada 2019. Może on stanowić dla samorządów podstawę dochodzenia zwrotu pieniędzy, które w latach 2017-2019 wydawały na placówki medyczne. Chodzi o tę część nakładów, która związana była z kosztami udzielonych świadczeń zdrowotnych (które powinien pokryć NFZ). Nie dotyczy to np. nakładów inwestycyjnych.
W przypadku woj. mazowieckiego ta kwota to wspomniane 83 mln zł. – Konieczność pokrycia ujemnego wyniku finansowego dotyczyła ośmiu placówek – informują władze regionu. Podkreślają jednocześnie, że woj. mazowieckie co roku przeznacza znaczne środki na placówki medyczne podlegające pod urząd marszałkowski. Są to wydatki inwestycyjne. – Zdrowie to obecnie druga, po transporcie, największa pozycja w budżecie Mazowsza - informują. - W tym roku inwestycje w 25 placówkach medycznych podległych samorządowi województwa pochłonęły 354 mln zł. W 2023 r. będzie to ponad 450 mln zł.