Konflikt rozpoczął się z chwilą powołania komitetu obywatelskiego, który przygotował i zaczął forsować projekt ustawy w sprawie utworzenia w Bydgoszczy Uniwersytetu Medycznego. Miałby on powstać na bazie Collegium Medicum Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, który jest zlokalizowany w Bydgoszczy. Na czele komitetu stanął poseł Zbigniew Pawłowicz (PO). Na początku roku projekt ten trafił do Sejmu.
Władze Bydgoszczy, politycy reprezentujący to miasto, a także niektórzy naukowcy związani dzisiaj z Collegium Medicum Uniwersytetu Mikołaja Kopernika poparli ten projekt. Podobnie jak Konferencja Rektorów Akademickich Uczelni Medycznych. Rada miasta przyjęła uchwałę, w której „deklaruje zaangażowanie organizacyjne, prawne i finansowe niezbędne do utworzenia uczelni”. Pomysł poparło 160 tysięcy mieszkańców Bydgoszczy i okolic.
Jak nam tłumaczy Rafał Bruski, prezydent Bydgoszczy, tak wielu głosów nie można lekceważyć. W ramach wsparcia odbyła się debata na forum nadzwyczajnej sesji Rady Miasta, prezydent wysłał listy z zaproszeniem do dyskusji do ministrów zdrowia oraz nauki i szkolnictwa wyższego. – W efekcie spotkałem się z ministrem Radziwiłłem. Zaprosiłem także do Bydgoszczy sejmową Komisję Zdrowia, a Rada Miasta powołała specjalny zespół ds. utworzenia uniwersytetu medycznego. Obecne Collegium Medicum to w dużej mierze majątek bydgoszczan, przekazany przez miasto na przestrzeni lat. Mam tu na myśli przede wszystkim nieruchomości, a także pomoc w postaci stypendiów udzielanych studentom czy nagród finansowych trafiających do pracowników naukowo-dydaktycznych – dodaje Rafał Bruski.
Przeciwko odłączeniu Collegium Medicum od UMK wypowiadają się m.in. senat toruńskiego uniwersytetu, a także przedstawiciele Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich.
Senat UMK w przyjętym stanowisku stwierdził, że ewentualna decyzja o podziale jest szkodliwa dla obu części uniwersytetu: „Generuje koszty w tej chwili nie do oszacowania; zarówno finansowe, jak i niematerialne. Obniżenie prestiżu UMK i nowo powstałego Uniwersytetu Medycznego, spadek pozycji w ogólnopolskich i światowych rankingach przynieść mogą konsekwencje trudne do odpracowania w najbliższych latach”.