By mogła ona pełnić zakładaną rolę, konieczne jest pogłębienie toru wodnego prowadzącego bezpośrednio do portu. Rząd chce to zrobić na własnych zasadach. Zdaniem władz miasta są one nieuczciwe. 
    Spór między rządem a władzami Elbląga wokół portu miejskiego trwa od miesięcy. Chodzi o pogłębienie ostatnich 900 m toru wodnego na rzece Elbląg, prowadzącego do portu. Propozycja rządu, według relacji władz miasta, wygląda następująco: dokapitalizuje miejską spółkę, do której należy port, kwotą do 100 mln zł i za te pieniądze pogłębi tor. W zamian miasto ma oddać większościowy pakiet udziałów w spółce.