Region kujawsko-pomorski leży na obszarze dwóch głównych dorzeczy Polski. 70 proc. wód odprowadzana jest do Wisły (przede wszystkim Drwęcą, Brdą, Wdą i Osą), reszta do Odry (Notecią i Wełną). Oba dorzecza łączy wybudowany w latach 70 osiemnastego wieku Kanał Bydgoski. Województwo jest jedynym w Polsce, które obejmuje trzy główne pojezierza: Mazurskie, Pomorskie i Wielkopolskie. Na jego terenie znajduje się 1002 jeziora o łącznej powierzchni 25 tys. ha. Mimo takich zasobów wodnych województwo jest najbardziej w Polsce zagrożone stepowieniem. Występujące tutaj susze, pojawiające się średnio raz na trzy lata, są najczęstsze i najgłębsze w kraju - szacuje Kujawsko-Pomorski Zarząd Melioracji i Urządzeń Wodnych we Włocławku.