Placówka ta ogłosiła przetarg na przebudowę obiektów, w których zaaranżowane zostaną wystawy. Inwestycja ma ruszyć w maju, a jej zakończenie planowane jest do czerwca 2018 r. Dyrekcja muzeum planuje otworzyć wystawę w przyszłym roku jesienią.
Szacunkowa wartość inwestycji to ponad 23 mln zł. Obejmie ona przebudowę i rozbudowę budynków dawnego aresztu UB, w którym znajduje się placówka muzealna. Prace obejmą też zagospodarowanie terenu przylegającego do obiektów oraz budowę kładki dla pieszych nad ulicą sąsiadującą z placówką.
W sierpniu 2016 r. konkurs na wykonanie aranżacji stałej ekspozycji ostrołęckiego Muzeum Żołnierzy Wyklętych wygrała spółka ART FM, przygotowywała ona m.in. scenariusze narracyjne i aranżacje, w tym treści multimedialne wystawy „Podziemia Rynku" w Krakowie oraz projektu wnętrz i ekspozycji Muzeum Józefa Piłsudskiego w Sulejówku.
„Chcemy pokazać ludzi, miejsca, potyczki i bitwy, ale też wskazać na motywacje i ideały, by w systematyczny sposób wypełniać ciągle istniejąca lukę w zbiorowej pamięci naszego pokolenia. Wierzymy, że ostrołęckie muzeum będzie nie tylko placówką badawczą, ale stanie się również symbolicznym miejscem pamięci o bohaterach i walkach na terenie całej II Rzeczypospolitej" – zakładają twórcy muzeum.
W ramach przygotowań koncepcji działalności placówki, w tym części wystawienniczej, powołana została rada naukowa, skupiająca historyków zajmujących się polskim podziemiem niepodległościowym. W grupie tej znaleźli się m.in.: prof. Wiesław J. Wysocki, dr hab. Piotr Niwiński i dr Tomasz Łabuszewski.