Konflikt rozpoczął się z chwilą powołania komitetu obywatelskiego, który przygotował i zaczął forsować projekt ustawy w sprawie utworzenia w Bydgoszczy Uniwersytetu Medycznego. Miałby on powstać na bazie Collegium Medicum Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, który jest zlokalizowany w Bydgoszczy. Na czele komitetu stanął poseł Zbigniew Pawłowicz (PO). Na początku roku projekt ten trafił do Sejmu.
Władze Bydgoszczy, politycy reprezentujący to miasto, a także niektórzy naukowcy związani dzisiaj z Collegium Medicum Uniwersytetu Mikołaja Kopernika poparli ten projekt. Podobnie jak Konferencja Rektorów Akademickich Uczelni Medycznych. Rada miasta przyjęła uchwałę, w której „deklaruje zaangażowanie organizacyjne, prawne i finansowe niezbędne do utworzenia uczelni". Pomysł poparło 160 tysięcy mieszkańców Bydgoszczy i okolic.