Poznańska Malta nieprzypadkowo dzieli nazwę z niewielką wyspą na Morzu Śródziemnym. Oba skrawki lądu należały do zakonu joannitów, nazywanych później kawalerami maltańskimi. Do Poznania przybyli jednak wcześniej, już w XII wieku.
Tereny nad Cybiną od wieków stanowiły cel letnich wycieczek poznaniaków, a pod koniec XIX stulecia stały się siedzibą miejscowego oddziału Towarzystwa Gimnastycznego Sokół. Później do sokolników dołączyli poznańscy skauci (wówczas nielegalni, szkolili się do walki z zaborcą), aż w końcu narodził się pomysł budowy ośrodka sportowego dla młodzieży.
Prace trwały od lat 20. ubiegłego wieku, ale szły opornie. Najpierw budowę spowolnił kryzys gospodarczy, później zniweczyła ją II wojna światowa (w latach 40. Niemcy, rękami jeńców, prowadzili prace nad sztucznym zbiornikiem).
Jezioro Maltańskie utworzono ostatecznie w 1952 roku. Z początku był to jedynie „zbiornik wodny w Poznaniu", a obecną nazwę nadano dopiero w roku 1974 dekretem premiera Piotra Jaroszewicza (tym samym zarządzeniem nazwę zyskało też pobliskie jezioro Rusałka).
Powstał tor regatowy, na którym w kolejnych latach organizowano międzynarodowe zawody, z mistrzostwami Europy w wioślarstwie (1958 r.) i kajakarstwie (1961 r.) na czele. Później było już tylko gorzej, aż w końcu obiekt przestał się nadawać do organizacji imprez sportowych.