Parkowi zagrażają m.in. rekordowe w Krakowie zanieczyszczenie powietrza i nacisk powiększającej się metropolii.

W ciągu ćwierćwiecza liczba turystów wzrosła dwukrotnie. Dla wielu deweloperów i inwestorów poszukujących atrakcyjnych gruntów park jest czymś w rodzaju gwoździa w bucie. Ostatni głośny konflikt wybuchł wokół planów budowy ośrodka wypoczynkowego na wzgórzu Parnas. Niedoszły inwestor złożył w Ministerstwie Środowiska wniosek o odwołanie dyrektora parku.