Materia organiczna to równie cenny zasób, jak pozostałe odzyskiwane frakcje surowców wtórnych, trafiająca jednak w większości nadal na składowiska odpadów. Odpady organiczne, jeśli nie są selektywnie zbierane powodują zanieczyszczenie i zawilgocenie pozostałych odpadów, co znacznie obniża efektywność odzyski i recyklingu. Zgodnie z dyrektywami UE i przepisami ustawy o utrzymaniu czystości i porządku w gminach do 2020 gminy będą mogły składować nie więcej niż 35% wagowo (w porównaniu z 1995 rokiem) całkowitej masy odpadów komunalnych ulegających biodegradacji przekazywanych do składowania. Do obowiązków gminy należy zatem zorganizowanie skutecznej zbiórki odpadów nie tylko papieru, metalu, plastiku, szkła i opakowań wielomateriałowych, ale również odpadów komunalnych ulegających biodegradacji.
Recykling organiczny polega na obróbce tlenowej, w tym kompostowaniu, lub obróbce beztlenowej odpadów, które ulegają rozkładowi biologicznemu w kontrolowanych warunkach przy wykorzystaniu mikroorganizmów, w wyniku której powstaje materia organiczna lub metan. Brak selektywnej zbiórki bioodpadów powoduje nie tylko wielkie marnotrawstwo zasobów organicznych, ale również znacznie przyczynia się do emisji metanu – gazu cieplarnianego wydostającego się w sposób niekontrolowany z wysypisk odpadów. W polskiej gospodarce odpadami dominuje biologiczno-mechaniczne przetwarzanie zmieszanych odpadów komunalnych, wyniku którego nie powstaje cenny dla gospodarki o obiegu zamkniętym surowiec, lecz tzw. stabilizat.
W ostatnim czasie można zaobserwować wzrost zainteresowania biologicznymi metodami przetwarzania odpadów. Zalicza się do nich kompleks różnych działań i technologii biochemicznej przeróbki odpadów, głównie poprzez kompostowanie lub fermentację metanową w wytwórniach biogazu. O przydatności surowca do biologicznego przetwarzania techniką tlenową (kompostowanie) czy beztlenową (fermentacja metanowa) decyduje struktura odpadu (wielkość, kształt, wzajemny układ ziaren). W przypadku kompostowania, bardziej właściwe są odpady o strukturze porowatej, tworzące środowisko dobrze natlenione, o wystarczającej wilgotności - np. odpady ogrodowe. Natomiast odpady pozbawione struktury, o dużej wilgotności np. trawy, osady ściekowe, selektywnie zbierane bioodpady, bardziej nadają się do fermentacji metanowej.
Wzorcowy system selektywnej zbiórki odpadów organicznych u źródła funkcjonuje w Szwecji, wprowadziło go już ponad 60% gmin, a wkrótce będzie to 80%. Odpady organiczne zbierane są tam przede wszystkim z gospodarstw domowych, wkładanych przed domowników do specjalnych biodegradowalnych torebek, ale również z punktów gastronomicznych, rolnictwa i przemysłu spożywczego. Odpady te zagospodarowywane są na potrzeby wytwarzania biogazu, jak również nawozów do celów rolniczych. Biogaz z frakcji biologicznej i odpadów żywnościowych wykorzystywany jest głównie do: produkcji energii elektrycznej i cieplnej oraz jako paliwo CNG do autobusów, śmieciarek i innych pojazdów komunalnych (po poddaniu dalszej obróbce). Biometan jest o 20% tańszy od pali ropopochodnych, a jedna torba papierowa ze zgromadzoną selektywnie frakcją mokrą, odpowiada energetycznie ok. 3 km jazdy.
W Polsce udział odpadów komunalnych ulegających biodegradacji stanowi ok 54% ogółu wytwarzanych odpadów komunalnych, spośród których, największy udział stanowią odpady kuchenne i ogrodowe (59%), a następnie odpady papieru i tektury (22%) oraz odpady z terenów zielonych (ok. 8%). Oczywiście najtańszym sposobem gospodarowania bioodpadami jest zapobieganie ich powstawaniu na kolejnych etapach cyklu życia produktów spożywczych (od gospodarstwa rolnego do konsumenta) oraz poprzez ograniczenie marnowania żywności oraz działalność banków żywności.
