Resort, zwykle ustami ministra Jerzego Kwiecińskiego, przytacza od dłuższego czasu i regularnie dane, z których wynika, że regionalne programy operacyjne (RPO) są realizowane wolniej od krajowych. W latach 2007–2013, kiedy realizowana była poprzednia unijna perspektywa finansowa było odwrotnie – RPO szły szybko i sprawnie. Na domiar złego zdaniem resortu inwestycji programy te są realizowane aż tak wolno, że marszałkowie mogą nie wykorzystać w pełni budżetów. Ale to nie koniec kłopotów – jeśli marszałkowie nie spełnią warunków, mogą nie dostać środków z tzw. rezerwy wykonania.